Genetik molekül DNA’sının eşit derecede önemli kardeşi olan RNA tarafından yapılan ve yönetilen bir dünyada yaşıyoruz. Aslında, evrimsel biyologlar, RNA’nın DNA’nın ve onun tarafından kodlanan proteinlerin ortaya çıkmasından önce bile var olduğunu ve kendi kendini kopyaladığını varsayıyorlar. Günümüzde bilim, insan genomunun %3’ünden daha azının haberci RNA (mRNA) moleküllerine kopyalandığını ve bunun da proteinlere çevrildiğini ortaya çıkardı. Buna karşılık, %82’si, yani çoğu hala esrarengiz kalan diğer işlevlere sahip RNA moleküllerine kopyalanır.
Tek bir RNA molekülünün ne yaptığını anlamak için, 3 boyutlu yapısının, kurucu atomları ve moleküler bağları düzeyinde deşifre edilmesi gerekir. Araştırmacılar, DNA ve protein moleküllerini bir X-ışını ışını (X-ışını kristalografisi) veya radyo dalgaları (nükleer manyetik rezonans) ile incelenebilen düzenli olarak paketlenmiş kristallere dönüştürerek rutin olarak incelediler. Ancak bu teknikler, moleküler bileşimleri ve yapısal esneklikleri kolayca kristal oluşturmalarını engellediğinden, RNA moleküllerine hemen hemen aynı etkinliğe uygulanamamakta.
Şimdi, Wyss Core Öğretim Üyesi Peng Yin, Ph.D. tarafından yönetilen bir araştırma, Harvard Üniversitesi’ndeki Wyss Biyolojiden Esinlenilmiş Mühendislik Enstitüsü’nde ve Maofu Liao, Ph.D. Harvard Tıp Okulu’nda (HMS), RNA moleküllerinin yapısal araştırmasına temelde yeni bir yaklaşım bildirmiştir. ROCK, denildiği gibi, çok sayıda aynı RNA molekülünü yüksek düzeyde organize bir yapıya birleştirmesine izin veren, tek tek RNA moleküllerinin esnekliğini önemli ölçüde azaltan ve moleküler ağırlıklarını çoğaltan bir RNA nanoteknolojik tekniği kullanır. Farklı boyut ve işlevlere sahip iyi bilinen model RNA’lara kıyaslama olarak uygulanan ekip, yöntemlerinin, kriyoelektron mikroskobu olarak bilinen bir teknikle içerdiği RNA alt birimlerinin yapısal analizini mümkün kıldığını gösterdi.(kriyo-EM). İlerlemeleri Nature Methods’da rapor edilmiştir .
Liao ile birlikte çalışmayı yöneten Yin, “ROCK, RNA yapısal araştırmalarının mevcut sınırlarını aşıyor ve mevcut yöntemlerle ve atomik çözünürlükte erişilmesi zor veya imkansız olan RNA moleküllerinin 3D yapılarının kilidinin açılmasını sağlıyor” dedi. “Bu ilerlemenin , gelişen RNA terapötikleri alanı da dahil olmak üzere birçok temel araştırma ve ilaç geliştirme alanını canlandırmasını bekliyoruz.” Yin ayrıca Wyss Enstitüsü’nün Moleküler Robotik Girişimi’nin lideridir ve HMS’de Sistem Biyolojisi Bölümü’nde Profesördür.
Yin’in Wyss Enstitüsü’ndeki ekibi, DNA tuğlaları ve DNA origami de dahil olmak üzere, DNA ve RNA moleküllerinin farklı ilke ve gereksinimlere dayalı olarak kendi kendine büyük yapılar oluşturmasını sağlayan çeşitli yaklaşımlara öncülük etmiştir. Bu tür stratejilerin, doğal olarak oluşan RNA moleküllerini, özellikle birbirine bağlayarak esneme ve hareket etme özgürlüklerinin oldukça kısıtlandığı yüksek düzeyde düzenli dairesel kompleksler halinde birleştirmek için de kullanılabileceğini varsaydılar. Birçok RNA, birbiriyle baz eşleşmesi yapan küçük segmentlerle, karmaşık ancak öngörülebilir şekillerde katlanır. Sonuç genellikle stabilize bir “çekirdek” ve çevreye doğru çıkıntı yapan “kök halkalar”dır.
Stabilize edilmiş RNA’nın görüntülenmesi
Kriyo-EM’de, birçok tek parçacık, daha fazla hareketi önlemek için kriyojenik sıcaklıklarda flaşla dondurulur ve daha sonra bir elektron mikroskobu ve bir parçacığın 2B yüzey projeksiyonlarının çeşitli yönlerini karşılaştıran ve 3B mimarisini yeniden yapılandıran hesaplama algoritmalarının yardımıyla görselleştirilir. . Peng ve Liu, Liao ve onun eski yüksek lisans öğrencisi Ph.D., çalışmanın diğer ilk yazarı olan François Thélot ile birlikte çalıştılar. Liao, grubuyla birlikte hızla gelişen kriyo-EM alanına ve spesifik proteinler tarafından oluşturulan tek parçacıkların deneysel ve hesaplamalı analizine önemli katkılarda bulunmuştur.
RNA yapılarının başarılı bir şekilde belirlenmesini engeller. RNA multimerlerini birleştirmeye yönelik yeni yöntemimiz HMS’de Hücre Biyolojisi Doçenti olan Liao, “RNA’nın boyutunu artırarak ve hareketini azaltarak bu iki sorunu aynı anda çözüyor” dedi. “Yaklaşımımız, birçok RNA’nın kriyo-EM ile hızlı yapı belirlemesine kapı açtı.” RNA nanoteknolojisi ve kriyo-EM yaklaşımlarının entegrasyonu, ekibin yöntemlerini “öpüşme döngüleri kurarak RNA oligomerizasyonu etkinleştirilmiş kriyo-EM” (ROCK) olarak adlandırmasına yol açtı.
ROCK için prensip kanıtı sağlamak için ekip, tek hücreli bir organizma olan Tetrahymena’dan büyük bir intron RNA’ya ve nitrojen sabitleyici bir bakteri olan Azoarcus’tan küçük bir intron RNA’ya ve ayrıca FMN riboswitch olarak adlandırılana odaklandı. . Intron RNA’ları, yeni kopyalanmış RNA’ların dizileri boyunca dağılmış kodlamayan RNA dizileridir ve olgun RNA’nın oluşturulabilmesi için “eklenmeleri” gerekir. FMN riboswitch, B2 vitamininden türetilen flavin metabolitlerinin biyosentezinde yer alan bakteriyel RNA’larda bulunur. Bunlardan birini, flavin mononükleotidi (FMN) bağladıktan sonra, 3D konformasyonunu değiştirir ve ana RNA’sının sentezini bastırır.
Cryo-EM ayrıca, örneğin işlevlerinin bir parçası olarak 3B konformasyonlarını değiştirirlerse, farklı durumlardaki molekülleri de yakalayabilir. Azoarcus intron RNA’sına ve FMN riboswitch’ine ROCK uygulayarak ekip, Azoarcus intronunun kendi kendine ekleme işlemi sırasında geçtiği farklı konformasyonları tanımlamayı ve FMN riboswitch’in ligand bağlama bölgesinin göreceli konformasyonel sertliğini ortaya çıkarmayı başardı. .
Doğal olarak oluşan birçok RNA molekülünün yapısını görselleştirebilmek ve anlayabilmek, birçok biyolojik ve patolojik anlayışımız üzerinde muazzam bir etkiye sahip olabilir. farklı hücre tipleri, dokular ve organizmalar arasında süreçler ve hatta yeni ilaç geliştirme yaklaşımlarına olanak sağlıyor” dedi.
Astrafizik sitesinden daha fazla şey keşfedin
Subscribe to get the latest posts sent to your email.